Для организации подготовки и проведения ГИА выпускников 9 классов и соблюдения прав обучающихся при её проведении органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации, осуществляющие управление в сфере образования, создают территориальные экзаменационные комиссии (ТЭК).
В состав ТЭК включаются представители органов управления образованием субъекта РФ, муниципальных районов и городских округов, ОО начального профессионального и среднего профессионального образования, ОО, методисты методических служб в соотношении, обеспечивающим представительство всех заинтересованных сторон.
Для обеспечения объективности при оценке качества знаний выпускников 9 классов создаются предметные комиссии ТЭК (подкомиссии) по общеобразовательным предметам, которые осуществляют проверку и оценивание работ выпускников 9 классов.
В состав предметных комисий входят педагогические работники ОО, методисты, преподаватели ООначального и среднего профессионального образования по профилю территориальной предметной комиссии на паритетных началах.
ГИА для выпускников 9 классов не предусматривает присутствие в аудитории, в которой проводится экзамен, учителя, преподававшего в этом классе. Однако, благодаря технологиям, позволяющим деперсонифицировать работы выпускников 9 классов во время их проверки (комиссия получает только бланки ответов, без титульного листа), он может входить в состав предметной экзаменационной комиссии.